第二季講述的是“人類的敵人其實是人類”。承接第一季的末日環境，之前人類一直認為人類的敵人是神秘的巨人，但是到了第二季調查兵團的這些人突然意識到，這些巨人之中有些居然是人類變身而成的，進而他們懷疑巨人災難背後真正的主使者是人類自己。